README

Clasificación Internacional de Enfermedades (CIE-10) oficial de Chile para R.

Paquete especializado para búsqueda, validación y análisis de códigos CIE-10 en el contexto chileno. Incluye el catálogo oficial MINSAL/DEIS v2018 con búsqueda optimizada, cálculo de comorbilidades y acceso a la API CIE-11 de la OMS.

Finalidad

ciecl facilita el trabajo con códigos CIE-10 en investigación y análisis de datos de salud en Chile, eliminando la necesidad de manipular archivos Excel manualmente. Los registros clínicos chilenos suelen contener códigos con inconsistencias de formato (espacios, mayúsculas, puntos faltantes); el paquete automatiza la corrección vectorizada de estas inconsistencias de forma eficiente, valida los códigos contra el catálogo oficial y permite el cálculo de índices de comorbilidad (Charlson, Elixhauser) directamente sobre los diagnósticos. Está dirigido a epidemiólogos, bioestadísticos y científicos de datos que trabajan con registros clínicos chilenos.

El dataset está establecido por el Decreto 356/2017 del MINSAL como clasificación oficial de enfermedades. No es modificable por el paquete; solo se actualiza por decreto institucional.

Instalación

# CRAN
install.packages("ciecl")

# rOpenSci R-universe
install.packages("ciecl", repos = c("https://ropensci.r-universe.dev", "https://cloud.r-project.org"))

# GitHub (desarrollo)
# install.packages("pak")
pak::pak("ropensci/ciecl")

Uso rápido

library(ciecl)

# Busqueda exacta por codigo
cie_lookup("E11.0")
#> # A tibble: 1 × 11
#>   codigo descripcion       categoria seccion capitulo_nombre inclusion exclusion
#>   <chr>  <chr>             <chr>     <chr>   <chr>           <chr>     <chr>    
#> 1 E11.0  Diabetes mellitu… E11 DIAB… E08-E1… Cap.04  ENFERM… <NA>      <NA>     
#> # ℹ 4 more variables: capitulo <chr>, es_daga <int>, es_cruz <int>,
#> #   uso_cl <chr>

# Multiples codigos
cie_lookup(c("E11.0", "I10", "Z00"))
#> # A tibble: 3 × 11
#>   codigo descripcion       categoria seccion capitulo_nombre inclusion exclusion
#>   <chr>  <chr>             <chr>     <chr>   <chr>           <chr>     <chr>    
#> 1 E11.0  Diabetes mellitu… E11 DIAB… E08-E1… Cap.04  ENFERM… <NA>      <NA>     
#> 2 I10    Hipertensión ese… I10 HIPE… I10-I1… Cap.09  ENFERM… <NA>      <NA>     
#> 3 Z00    Examen general e… Z00 EXAM… Z00-Z1… Cap.21  FACTOR… <NA>      <NA>     
#> # ℹ 4 more variables: capitulo <chr>, es_daga <int>, es_cruz <int>,
#> #   uso_cl <chr>

# Descripcion directa (vectorizada) para usar en mutate()
cie_describe(c("E11.0", "I10"))
#> [1] "Diabetes mellitus tipo 2 con coma" "Hipertensión esencial (primaria)"

# Ejemplo en flujo dplyr
# egresos |> dplyr::mutate(desc = cie_describe(codigo))

# Busqueda fuzzy tolerante a errores
cie_search("diabetis mellitus")
#> # A tibble: 50 × 4
#>    codigo descripcion                                            score categoria
#>    <chr>  <chr>                                                  <dbl> <chr>    
#>  1 E10    Diabetes mellitus insulinodependiente                    0.5 E10 DIAB…
#>  2 E10.0  Diabetes mellitus tipo 1 con coma                        0.5 E10 DIAB…
#>  3 E10.1  Diabetes mellitus tipo 1 con cetoacidosis                0.5 E10 DIAB…
#>  4 E10.2  Diabetes mellitus tipo 1 con complicaciones renales      0.5 E10 DIAB…
#>  5 E10.3  Diabetes mellitus tipo 1 con complicaciones oftálmicas   0.5 E10 DIAB…
#>  6 E10.4  Diabetes mellitus tipo 1 con complicaciones neurológi…   0.5 E10 DIAB…
#>  7 E10.5  Diabetes mellitus tipo 1 con complicaciones  circulat…   0.5 E10 DIAB…
#>  8 E10.6  Diabetes mellitus tipo 1 con otras complicaciones esp…   0.5 E10 DIAB…
#>  9 E10.7  Diabetes mellitus tipo 1 con complicaciones múltiples    0.5 E10 DIAB…
#> 10 E10.8  Diabetes mellitus tipo 1 con complicaciones no especi…   0.5 E10 DIAB…
#> # ℹ 40 more rows

# Siglas medicas chilenas
cie_search("IAM")
#> ℹ Sigla detectada: "IAM" -> "infarto agudo miocardio"
#> # A tibble: 50 × 4
#>    codigo descripcion                                            score categoria
#>    <chr>  <chr>                                                  <dbl> <chr>    
#>  1 I21    Infarto agudo del miocardio                                1 I21 INFA…
#>  2 I21.0  Infarto transmural agudo del miocardio de la pared an…     1 I21 INFA…
#>  3 I21.1  Infarto transmural agudo del miocardio de la pared in…     1 I21 INFA…
#>  4 I21.2  Infarto agudo transmural del miocardio de otros sitios     1 I21 INFA…
#>  5 I21.3  Infarto transmural agudo del miocardio, de sitio no e…     1 I21 INFA…
#>  6 I21.4  Infarto subendocárdico agudo del miocardio                 1 I21 INFA…
#>  7 I21.9  Infarto agudo del miocardio, sin otra especificación       1 I21 INFA…
#>  8 I23    Ciertas complicaciones presentes posteriores al infar…     1 I23 CIER…
#>  9 I23.0  Hemopericardio como complicación presente posterior a…     1 I23 CIER…
#> 10 I23.3  Ruptura de la pared cardíaca sin hemopericardio como …     1 I23 CIER…
#> # ℹ 40 more rows

¿No sabes cuál función usar? cie_guide() muestra una tabla comparativa con el escenario, la función recomendada y un ejemplo para cada caso.

# Comorbilidades (requiere: install.packages("comorbidity"))
df |> cie_comorbid(id = "paciente", code = "diagnostico", map = "charlson")

API CIE-11 (opcional)

Para usar cie11_search() necesitas credenciales gratuitas de la OMS (https://icd.who.int/icdapi). Recomendamos guardarlas con el paquete keyring:

keyring::key_set("ciecl_icd11")  # client_id:client_secret
Sys.setenv(ICD_API_KEY = keyring::key_get("ciecl_icd11"))
cie11_search("diabetes mellitus")

Datos

Contribuir

Licencia

Autor

Rodolfo Tasso Suazo — rtasso@uchile.cl Grupo de Ciencia de Datos para Salud Pública, Escuela de Salud Pública, Facultad de Medicina, Universidad de Chile.

Agradecimientos

Enlaces

Grupo de Ciencia de Datos para Salud Pública
Escuela de Salud Pública, Facultad de Medicina
Universidad de Chile