Repository of Reproducible Computations

Free Statistics

of Irreproducible Research!

Author's title

Author

*The author of this computation has been verified*

R Software Module

rwasp_hierarchicalclustering.wasp

Title produced by software

Hierarchical Clustering

Date of computation

Mon, 08 Dec 2008 14:13:44 -0700

Cite this page as follows

Statistical Computations at FreeStatistics.org, Office for Research Development and Education, URL https://freestatistics.org/blog/index.php?v=date/2008/Dec/08/t12287708545547vdnzy1v87nb.htm/, Retrieved Thu, 16 May 2024 09:46:53 +0000

Statistical Computations at FreeStatistics.org, Office for Research Development and Education, URL https://freestatistics.org/blog/index.php?pk=31037, Retrieved Thu, 16 May 2024 09:46:53 +0000

QR Codes:

Paste this QR Code to cite your computation.

Original text written by user:

IsPrivate?

No (this computation is public)

User-defined keywords

Estimated Impact

175

Family? (F = Feedback message, R = changed R code, M = changed R Module, P = changed Parameters, D = changed Data)

-     [Hierarchical Clustering] [paper] [2007-12-05 22:51:14] [8d3192ea84fef628e5e980e3df2ac42d]
-    D  [Hierarchical Clustering] [paper 1.12 Hierar...] [2008-12-05 10:19:00] [819b576fab25b35cfda70f80599828ec]
-           [Hierarchical Clustering] [paper 1.12 Hierar...] [2008-12-08 21:13:44] [2ae704d6b0222e84f58032588d68322b] [Current]

Feedback Forum

Post a new message

Dataseries X:

Download CSV

Histogram

Boxplots

Summary of computational transaction
Raw Input	view raw input (R code)
Raw Output	view raw output of R engine
Computing time	4 seconds
R Server	'Herman Ole Andreas Wold' @ 193.190.124.10:1001

\begin{tabular}{lllllllll}
\hline
Summary of computational transaction \tabularnewline
Raw Input & view raw input (R code)  \tabularnewline
Raw Output & view raw output of R engine  \tabularnewline
Computing time & 4 seconds \tabularnewline
R Server & 'Herman Ole Andreas Wold' @ 193.190.124.10:1001 \tabularnewline
\hline
\end{tabular}
%Source: https://freestatistics.org/blog/index.php?pk=31037&T=0

[TABLE]
[ROW][C]Summary of computational transaction[/C][/ROW]
[ROW][C]Raw Input[/C][C]view raw input (R code) [/C][/ROW]
[ROW][C]Raw Output[/C][C]view raw output of R engine [/C][/ROW]
[ROW][C]Computing time[/C][C]4 seconds[/C][/ROW]
[ROW][C]R Server[/C][C]'Herman Ole Andreas Wold' @ 193.190.124.10:1001[/C][/ROW]
[/TABLE]
Source: https://freestatistics.org/blog/index.php?pk=31037&T=0

Globally Unique Identifier (entire table): ba.freestatistics.org/blog/index.php?pk=31037&T=0

As an alternative you can also use a QR Code:

The GUIDs for individual cells are displayed in the table below:

Summary of computational transaction
Raw Input	view raw input (R code)
Raw Output	view raw output of R engine
Computing time	4 seconds
R Server	'Herman Ole Andreas Wold' @ 193.190.124.10:1001

Summary of Dendrogram
Label	Height
1	0
2	0
3	0
4	0
5	0
6	0
7	0
8	0
9	0
10	0
11	1
12	1
13	1
14	1
15	1
16	1
17	1
18	1
19	1.33333333333333
20	1.33333333333333
21	1.66666666666667
22	2
23	2
24	2
25	2.5
26	2.66666666666667
27	2.66666666666667
28	3
29	3
30	3.33333333333333
31	3.6
32	4
33	4
34	4.33333333333333
35	4.33333333333333
36	5
37	7
38	7.66666666666667
39	7.68571428571429
40	8.5
41	9.5
42	10.1666666666667
43	10.4666666666667
44	12.0666666666667
45	12.3809523809524
46	17.6666666666667
47	18.2222222222222
48	20.1666666666667
49	28.8476190476190
50	35.0666666666667
51	50.4
52	65.6333333333333
53	71.9333333333333
54	72.4857142857143
55	110.244444444444
56	203.253333333333
57	270.2
58	731.441904761905
59	1513.27142857143

\begin{tabular}{lllllllll}
\hline
Summary of Dendrogram \tabularnewline
Label & Height \tabularnewline
1 & 0 \tabularnewline
2 & 0 \tabularnewline
3 & 0 \tabularnewline
4 & 0 \tabularnewline
5 & 0 \tabularnewline
6 & 0 \tabularnewline
7 & 0 \tabularnewline
8 & 0 \tabularnewline
9 & 0 \tabularnewline
10 & 0 \tabularnewline
11 & 1 \tabularnewline
12 & 1 \tabularnewline
13 & 1 \tabularnewline
14 & 1 \tabularnewline
15 & 1 \tabularnewline
16 & 1 \tabularnewline
17 & 1 \tabularnewline
18 & 1 \tabularnewline
19 & 1.33333333333333 \tabularnewline
20 & 1.33333333333333 \tabularnewline
21 & 1.66666666666667 \tabularnewline
22 & 2 \tabularnewline
23 & 2 \tabularnewline
24 & 2 \tabularnewline
25 & 2.5 \tabularnewline
26 & 2.66666666666667 \tabularnewline
27 & 2.66666666666667 \tabularnewline
28 & 3 \tabularnewline
29 & 3 \tabularnewline
30 & 3.33333333333333 \tabularnewline
31 & 3.6 \tabularnewline
32 & 4 \tabularnewline
33 & 4 \tabularnewline
34 & 4.33333333333333 \tabularnewline
35 & 4.33333333333333 \tabularnewline
36 & 5 \tabularnewline
37 & 7 \tabularnewline
38 & 7.66666666666667 \tabularnewline
39 & 7.68571428571429 \tabularnewline
40 & 8.5 \tabularnewline
41 & 9.5 \tabularnewline
42 & 10.1666666666667 \tabularnewline
43 & 10.4666666666667 \tabularnewline
44 & 12.0666666666667 \tabularnewline
45 & 12.3809523809524 \tabularnewline
46 & 17.6666666666667 \tabularnewline
47 & 18.2222222222222 \tabularnewline
48 & 20.1666666666667 \tabularnewline
49 & 28.8476190476190 \tabularnewline
50 & 35.0666666666667 \tabularnewline
51 & 50.4 \tabularnewline
52 & 65.6333333333333 \tabularnewline
53 & 71.9333333333333 \tabularnewline
54 & 72.4857142857143 \tabularnewline
55 & 110.244444444444 \tabularnewline
56 & 203.253333333333 \tabularnewline
57 & 270.2 \tabularnewline
58 & 731.441904761905 \tabularnewline
59 & 1513.27142857143 \tabularnewline
\hline
\end{tabular}
%Source: https://freestatistics.org/blog/index.php?pk=31037&T=1

[TABLE]
[ROW][C]Summary of Dendrogram[/C][/ROW]
[ROW][C]Label[/C][C]Height[/C][/ROW]
[ROW][C]1[/C][C]0[/C][/ROW]
[ROW][C]2[/C][C]0[/C][/ROW]
[ROW][C]3[/C][C]0[/C][/ROW]
[ROW][C]4[/C][C]0[/C][/ROW]
[ROW][C]5[/C][C]0[/C][/ROW]
[ROW][C]6[/C][C]0[/C][/ROW]
[ROW][C]7[/C][C]0[/C][/ROW]
[ROW][C]8[/C][C]0[/C][/ROW]
[ROW][C]9[/C][C]0[/C][/ROW]
[ROW][C]10[/C][C]0[/C][/ROW]
[ROW][C]11[/C][C]1[/C][/ROW]
[ROW][C]12[/C][C]1[/C][/ROW]
[ROW][C]13[/C][C]1[/C][/ROW]
[ROW][C]14[/C][C]1[/C][/ROW]
[ROW][C]15[/C][C]1[/C][/ROW]
[ROW][C]16[/C][C]1[/C][/ROW]
[ROW][C]17[/C][C]1[/C][/ROW]
[ROW][C]18[/C][C]1[/C][/ROW]
[ROW][C]19[/C][C]1.33333333333333[/C][/ROW]
[ROW][C]20[/C][C]1.33333333333333[/C][/ROW]
[ROW][C]21[/C][C]1.66666666666667[/C][/ROW]
[ROW][C]22[/C][C]2[/C][/ROW]
[ROW][C]23[/C][C]2[/C][/ROW]
[ROW][C]24[/C][C]2[/C][/ROW]
[ROW][C]25[/C][C]2.5[/C][/ROW]
[ROW][C]26[/C][C]2.66666666666667[/C][/ROW]
[ROW][C]27[/C][C]2.66666666666667[/C][/ROW]
[ROW][C]28[/C][C]3[/C][/ROW]
[ROW][C]29[/C][C]3[/C][/ROW]
[ROW][C]30[/C][C]3.33333333333333[/C][/ROW]
[ROW][C]31[/C][C]3.6[/C][/ROW]
[ROW][C]32[/C][C]4[/C][/ROW]
[ROW][C]33[/C][C]4[/C][/ROW]
[ROW][C]34[/C][C]4.33333333333333[/C][/ROW]
[ROW][C]35[/C][C]4.33333333333333[/C][/ROW]
[ROW][C]36[/C][C]5[/C][/ROW]
[ROW][C]37[/C][C]7[/C][/ROW]
[ROW][C]38[/C][C]7.66666666666667[/C][/ROW]
[ROW][C]39[/C][C]7.68571428571429[/C][/ROW]
[ROW][C]40[/C][C]8.5[/C][/ROW]
[ROW][C]41[/C][C]9.5[/C][/ROW]
[ROW][C]42[/C][C]10.1666666666667[/C][/ROW]
[ROW][C]43[/C][C]10.4666666666667[/C][/ROW]
[ROW][C]44[/C][C]12.0666666666667[/C][/ROW]
[ROW][C]45[/C][C]12.3809523809524[/C][/ROW]
[ROW][C]46[/C][C]17.6666666666667[/C][/ROW]
[ROW][C]47[/C][C]18.2222222222222[/C][/ROW]
[ROW][C]48[/C][C]20.1666666666667[/C][/ROW]
[ROW][C]49[/C][C]28.8476190476190[/C][/ROW]
[ROW][C]50[/C][C]35.0666666666667[/C][/ROW]
[ROW][C]51[/C][C]50.4[/C][/ROW]
[ROW][C]52[/C][C]65.6333333333333[/C][/ROW]
[ROW][C]53[/C][C]71.9333333333333[/C][/ROW]
[ROW][C]54[/C][C]72.4857142857143[/C][/ROW]
[ROW][C]55[/C][C]110.244444444444[/C][/ROW]
[ROW][C]56[/C][C]203.253333333333[/C][/ROW]
[ROW][C]57[/C][C]270.2[/C][/ROW]
[ROW][C]58[/C][C]731.441904761905[/C][/ROW]
[ROW][C]59[/C][C]1513.27142857143[/C][/ROW]
[/TABLE]
Source: https://freestatistics.org/blog/index.php?pk=31037&T=1

Globally Unique Identifier (entire table): ba.freestatistics.org/blog/index.php?pk=31037&T=1

As an alternative you can also use a QR Code:

The GUIDs for individual cells are displayed in the table below:

Summary of Dendrogram
Label	Height
1	0
2	0
3	0
4	0
5	0
6	0
7	0
8	0
9	0
10	0
11	1
12	1
13	1
14	1
15	1
16	1
17	1
18	1
19	1.33333333333333
20	1.33333333333333
21	1.66666666666667
22	2
23	2
24	2
25	2.5
26	2.66666666666667
27	2.66666666666667
28	3
29	3
30	3.33333333333333
31	3.6
32	4
33	4
34	4.33333333333333
35	4.33333333333333
36	5
37	7
38	7.66666666666667
39	7.68571428571429
40	8.5
41	9.5
42	10.1666666666667
43	10.4666666666667
44	12.0666666666667
45	12.3809523809524
46	17.6666666666667
47	18.2222222222222
48	20.1666666666667
49	28.8476190476190
50	35.0666666666667
51	50.4
52	65.6333333333333
53	71.9333333333333
54	72.4857142857143
55	110.244444444444
56	203.253333333333
57	270.2
58	731.441904761905
59	1513.27142857143

Figure 1

PNG link

Postscript link

PDF link

Figure 2

PNG link

Postscript link

PDF link

Parameters (Session):

par1 = ward ; par2 = ALL ; par3 = FALSE ; par4 = FALSE ;

Parameters (R input):

par1 = ward ; par2 = ALL ; par3 = FALSE ; par4 = FALSE ;

R code (references can be found in the software module):

par3 <- as.logical(par3)
par4 <- as.logical(par4)
if (par3 == 'TRUE'){
dum = xlab
xlab = ylab
ylab = dum
}
x <- t(y)
hc <- hclust(dist(x),method=par1)
d <- as.dendrogram(hc)
str(d)
mysub <- paste('Method: ',par1)
bitmap(file='test1.png')
if (par4 == 'TRUE'){
plot(d,main=main,ylab=ylab,xlab=xlab,horiz=par3, nodePar=list(pch = c(1,NA), cex=0.8, lab.cex = 0.8),type='t',center=T, sub=mysub)
} else {
plot(d,main=main,ylab=ylab,xlab=xlab,horiz=par3, nodePar=list(pch = c(1,NA), cex=0.8, lab.cex = 0.8), sub=mysub)
}
dev.off()
if (par2 != 'ALL'){
if (par3 == 'TRUE'){
ylab = 'cluster'
} else {
xlab = 'cluster'
}
par2 <- as.numeric(par2)
memb <- cutree(hc, k = par2)
cent <- NULL
for(k in 1:par2){
cent <- rbind(cent, colMeans(x[memb == k, , drop = FALSE]))
}
hc1 <- hclust(dist(cent),method=par1, members = table(memb))
de <- as.dendrogram(hc1)
bitmap(file='test2.png')
if (par4 == 'TRUE'){
plot(de,main=main,ylab=ylab,xlab=xlab,horiz=par3, nodePar=list(pch = c(1,NA), cex=0.8, lab.cex = 0.8),type='t',center=T, sub=mysub)
} else {
plot(de,main=main,ylab=ylab,xlab=xlab,horiz=par3, nodePar=list(pch = c(1,NA), cex=0.8, lab.cex = 0.8), sub=mysub)
}
dev.off()
str(de)
}
load(file='createtable')
a<-table.start()
a<-table.row.start(a)
a<-table.element(a,'Summary of Dendrogram',2,TRUE)
a<-table.row.end(a)
a<-table.row.start(a)
a<-table.element(a,'Label',header=TRUE)
a<-table.element(a,'Height',header=TRUE)
a<-table.row.end(a)
num <- length(x[,1])-1
for (i in 1:num)
{
a<-table.row.start(a)
a<-table.element(a,hc$labels[i])
a<-table.element(a,hc$height[i])
a<-table.row.end(a)
}
a<-table.end(a)
table.save(a,file='mytable1.tab')
if (par2 != 'ALL'){
a<-table.start()
a<-table.row.start(a)
a<-table.element(a,'Summary of Cut Dendrogram',2,TRUE)
a<-table.row.end(a)
a<-table.row.start(a)
a<-table.element(a,'Label',header=TRUE)
a<-table.element(a,'Height',header=TRUE)
a<-table.row.end(a)
num <- par2-1
for (i in 1:num)
{
a<-table.row.start(a)
a<-table.element(a,i)
a<-table.element(a,hc1$height[i])
a<-table.row.end(a)
}
a<-table.end(a)
table.save(a,file='mytable2.tab')
}

Free Statistics

Description of Statistical Computation

Tree of Dependent Computations

Dataset

Tables (Output of Computation)

Figures (Output of Computation)

Input Parameters & R Code